Авиационный учебный центр является структурным подразделением АО «Аэропорт Толмачево»

Для обеспечения единства основных требований к организации и осуществлению деятельности по реализации образовательных программ, в соответствии с актуальными задачами развития Общества, лицензионными и сертификационными требованиями, в АУЦ АО «Аэропорт Толмачево» функционирует совещательный орган управления - Методический совет.

Полномочия органов управления разграничиваются согласно Уставу и локальным нормативным актам АО «Аэропорт Толмачево».